Γεννήθηκε στην Τήνο.  Φοίτησε στο Σχολαρχείο της Τήνου (1894-1897) και στο Πρότυπο Γυμνάσιο Αρρένων Αθηνών (1897-1900). Ακολούθως σπούδασε στη Ριζάρειο Σχολή (1900-1903) και στη Θεολογική Σχολή της Αθήνας (1904-1907). Διορίστηκε στο Σχολαρχείο της Ανάφης μέχρι το 1911, οπότε έλαβε υποτροφία του Ιερού Ιδρύματος Τήνου για τη συνέχιση των σπουδών του στη Γερμανία. Μεταξύ 1911 και 1914 σπούδασε Ερμηνευτική Θεολογία της Καινής Διαθήκης, Θρησκειολογία, Φιλοσοφία και Παιδαγωγική στο Πανεπιστήμιο της Λειψίας.  

Στις 25 Οκτωβρίου 1921 αναγορεύθηκε διδάκτορας της Θεολογίας με θέμα «Η εις πνεύματα πίστις κατά τους περί Χριστού χρόνους». 

Ως πνευματική προσωπικότητα ήταν ακάματος. Με εισήγησή του ιδρύθηκαν έδρες Ιστορίας των Θρησκευμάτων, Φιλοσοφίας της Θρησκείας, Ψυχολογίας της Θρησκείας στη Θεολογική Αθήνας. Συνέβαλε στην ίδρυση της Θεολογικής Θεσσαλονίκης. Διαδραμάτισε ρόλο στην ακαδημαϊκή οργάνωση της Παντείου Σχολής. Σύμφωνα με τα γραφόμενα στην Επετηρίδα της Παντείου 1955-1956, σελ. 183: “ Αγών υπέρ της εκπαιδεύσεως και του καλλιτεχνικού κόσμου προς εξύψωσιν του πνεύματος και τόνωσιν του εθνικού φρονήματος εναντίον του υλισμού, της φυσιοκρατίας και του θετικισμού, χαρακτηρίζουν τον βίον του ανδρός” 

Στις 29 Απριλίου του 1941 ήταν ένας από τους προτεινόμενους για υπουργοποίηση από τον Γεώργιο Τσολάκογλου. Όμως παραιτήθηκε αμέσως χωρίς να ορκιστεί, επικαλούμενος ως δικαιολογία την είσοδο των Ιταλών στην Αθήνα. Μετά την Απελευθέρωση, τον Μάιο του 1944, απολύθηκε από το Πανεπιστήμιο Αθηνών λόγω της δίκης και καταδίκης του σε πενταετή φυλάκιση ως συνεργάτη των ναζιστών επί Κατοχής και τη συμμετοχή του στην κατοχική κυβέρνηση του Ιωάννη Ράλλη. Επανήλθε στην έδρα του το 1949 και στις 31 Αυγούστου 1955 συνταξιοδοτήθηκε λόγω ορίου ηλικίας.

Το 1915 υπηρέτησε ως καθηγητής των Παιδαγωγικών στο Αρσάκειο Διδασκαλείο Αθηνών, στο Διδασκαλείο Θηλέων Κέρκυρας και στο Διδασκαλείο Αρρένων Θεσσαλονίκης, στο οποίο διετέλεσε και διευθυντής μεταξύ 1918 και 1923.Το 1923, μετατέθηκε δυσμενώς για πολιτικούς λόγους στο Γυμνάσιο Πολυγύρου, υπέβαλε όμως την παραίτησή του και προσελήφθη ως Διευθυντής του ελληνικού τμήματος της Ιταλικής Σχολής Θεσσαλονίκης, μέχρι το 1925.

Στις 11 Νοεμβρίου 1925 εξελέγη παμψηφεί τακτικός καθηγητής της Εισαγωγής και της Ερμηνείας της Καινής Διαθήκης στη Θεολογική Σχολή Αθηνών. Κατ΄ανάθεσιν δίδαξε Θρησκειολογία στη Μαράσλειο Παιδαγωγική Ακαδημία και φιλοσοφία της Θρησκείας στο Διδασκαλείο Μέσης Εκπαίδευσης.

Διετέλεσε γενικός γραμματέας του Υπουργείου Παιδείας δύο φορές τις περιόδους 1926-1928 και 1935-1936 και Υπουργός Παιδείας από 14 Μαρτίου 1936 έως 6 Αυγούστου 1936. Συμμετείχε στο πρώτο Συμβούλιο Σπουδών της Παντείου Σχολής (1930) Υπήρξε πρόεδρος της επιτροπής αναθεωρήσεως του Αναλυτικού Προγράμματος του μαθήματος των Θρησκευτικών (1933), μέλος της Εφορίας του Παιδαγωγικού Κέντρου Αθηνών (1937) και υπουργικός επίτροπός του Κολλεγίου Αθηνών (1941).

Στην τρίτη κατοχική κυβέρνηση του Ιωάννη Ράλλη από τις 7 Απριλίου 1943 έως τις 12 Οκτωβρίου 1944 έγινε υπουργός Θρησκευμάτων και Εθνικής παιδείας και υπουργός Εθνικής Προνοίας. Πρόεδρος Διοικητικού Συμβουλίου της Παντείου Σχολής από 1939 μέχρι το 1941 και 1941-1943

Διετέλεσε κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής Αθηνών τέσσερις φορές κατά τα ακαδημαϊκά έτη 1931-1932, 1937-1938, 1941-1942, 1952-1953. Ακόμη, κατά το ακαδημαϊκό έτος 1942-1943 υπήρξε αντιπρύτανης του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Ο Λούβαρις δίδαξε επίσης στο τμήμα Πολιτικών και Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών, στη Νομική Αθηνών, στη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων (1939-1940) Υπήρξε μέλος της Γερμανικής Φιλοσοφικής Εταιρείας του Βερολίνου, του Φιλολογικού Συλλόγου Παρνασσός από το 1932.

Το 1935 αναγορεύθηκε επίτιμος διδάκτορας της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Χαϊδελβέργης και το 1959 της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Θεσσαλονίκης. Στις 17 Δεκεμβρίου 1960 εξελέγη τακτικό μέλος της Ακαδημίας Αθηνών. Ήταν μέλος της Μεγάλης Τεκτονικής Στοάς της Ελλάδας.